El 17 de agosto del año 1076 Alfonso VI, que cuatro meses más tarde confirmaba su fuero a Sepúlveda, hacia escritura de donación al monasterio benedictino de Silos, gobernado entonces por el abad Fortunio, del sepulcro del santo y sus alrededores, disponiendo que fuera deslindado el terreno en cuestión por veintiséis de los primeros pobladores de la villa, los cuales son mencionados por sus nombres y procedencia en el documento. Escudo de la abadía de silos sobre la entrada del priorato de San FrutosSe hacía surgir pues un enclave monástico en una repoblación concejil. Silos erigió un priorato en el lugar y el arzobispo de Toledo Bernardo de Cluny consagró su iglesia el año 1100.

 

El 18 de junio del 1126 Alfonso VII concedía a esa abadía el derecho exclusivo de establecer un pueblo en San Frutos y otro en la aldea de Ceca, de acuerdo con el Fuero de Sahagún.

 

Los colonos que allí se establecieran podían vender sus derechos al cultivo de la tierra del monasterio pero éste tenía derecho de retracto y en todo caso los adquirientes quedaban igualmente sujetos a su señorío. Caso de no encontrarse comprador podían dejarlas al prior y recuperarlas si volvían. Se trata del Fuero de San Frutos, un texto muy significativo para conocer la condición social y jurídica de los campesinos llamados en Castilla collazos. De hecho la hacienda del priorato estaba dividida en quiñones, cada uno asignado a una familia con la casa correspondiente, siendo comunes el bosque y los pastos. El número de vecinos no podía aumentar, lo que daba lugar a la emigración forzosa del excedente de población.

 

Canónicamente el priorato tenía a su cargo la parroquia del lugar y percibía sus diezmos, exentos pues del obispo de Segovia si bien supeditado a él en cuanto a la cura de almas.

San Frutos tuvo una endémica situación litigiosa con el vecino convento de La Hoz por el deslinde de sus términos. Según un arreglo de 1510 se dividieron la ribera a ambos lados del portillo de la Paz. Los conflictos se agudizaron mucho de 1748 a 1760. Los benedictinos alegaban que los franciscanos por su pobreza no podían tener propiedades.

Al constituirse en 1497 la Congregación de Valladolid. Con tendencia a incorporarse por lo menos todos los monasterios benedictinos de la corona de Castilla, el monje del mismo San Benito de Valladolid Fray Martín de Villacreces, con cuarenta hombres armados y acompañado del corregidor de Sepúlveda se apoderó por la fuerza de San Frutos, sitien el prior perpetuo fray Martín Sánchez de Beltranza consiguió se le restituyera, aunque unido Silos en 1503 a los vallisoletanos renunció a su derecho en 1519 y lo fue también el priorato. Silos tenía en el término de San Frutos doscientos corderos, que percibía en la abadía de diezmos, por ser el clima del Duratón más benigno.

 

En el priorato sólo vivían dos monjes, el prior y el compañero. Ambos cantaban la salve al atardecer y hacían estaciones ante las reliquias de los santos, y rezaban el rosario con la familia de la casa o sea los criados.

 

La jurisdicción del prior no era reconocida por la villa de Sepúlveda, dándose una continua situación de enfrentamiento pacífico o violento entre ambas potestades, que llegó a pleitos serios en 1511 y 1773, ambos ganados por San Frutos.Vista del priorato de San Frutos desde el otro lado de las Hoces del Duratón

 

De 1777 a 1785 fue prior fray Liciniano Sáez, el monje más erudito de Silos. Y de 1642 a 1644 había residido allí el pintor fray Juan Ricci.

En la exclaustración de 1836 los monjes fueron expulsados y el monasterio esta hoy en ruinas. A la puerta, bajo una espadaña que ya no tiene sus campanas, el escudo de Silos da testimonio de un pasado que duró casi ocho siglos.

 

A comienzos del siglo XX, el año 1900 siendo obispo José Ramón Quesada y Gascón tuvo lugar allí una gran peregrinación diocesana que ha quedado conmemorada en la explanada por una cruz monumental de hierro.